世子既然横死，继承权就落在二儿子身上。1649年仁祖去世，李淏继位，史称孝宗。这位孝宗和他哥哥完全相反。他也在清朝境内当过八年人质，但这只增加了他对满清的仇恨。
一直以来，无论是王氏高丽还是李氏朝鲜，都对中原的汉族文化无比仰慕，而对中国的少数民族政权嗤之以鼻。不幸的是，在两国近千年的历史中，除了北宋初年和明朝外，其他多数时候，朝鲜半岛上的政权总是被迫臣服于辽、金、元、清这样的少数民族政权。对朝鲜朝廷而言，这是很大的耻辱。而孝宗本人的立场，则助长了这样的思潮。于是在孝宗的主导下，一场轰轰烈烈的"反清复明"运动展开了。
孝宗即位初年，便流放亲清派大臣，任命反清派人士当大官，引得清朝专门派人来质问:"小兄弟，干吗把这几个鸟人引进朝廷啊?"孝宗迫于压力，只得罢免了反清派人士，却又把亲清派的人砍了好几个作为平衡。很快，朝廷里面亲清的势力基本被一扫而光了。
