除了边境线上的李定国残部之外，云南境内还有众多土司，吴三桂认为这些土司"惟利是趋"，一旦永历帝用"高爵厚禄"来引诱他们，他们必定会被煽动起来对抗清廷，虽然单个土司力量不足以与清廷对抗，但是众多土司联合起来，"遍地蜂起"，清廷必将难以应对。
吴三桂的担心并非无中生有，也并非毫无道理，前一年元江土知府(第一等土官，少数民族地区由部族首领世袭之土司文职长官，从四品)那嵩便和李定国里应外合，发动反抗清廷统治的起义，吴三桂历时数月才平定，所以吴三桂认为境内的土司是清廷的肘腋之患，而发作的根源却在境外--缅甸的永历帝。
投诚官兵虽已次第安插，然革面恐未革心，永历在缅，于中岂无系念?万一边关有警，若辈生心，此其患在腠理也。
在吴三桂和清军征服云南的过程中，有很多明朝官军投降清军，这些人虽然已经被安插在各支部队之中，但是吴三桂认为他们仍然没有洗心革面，如今永历帝还在缅甸，他们心中肯定仍以永历帝为尊，一旦永历帝号召反清，那么这些人难保不生异心，这是腠理之疾。而要解决这个问题，根源还是在永历帝，如果永历帝不在人世，那么这些投降官兵肯定会心无旁骛，最终只能选择效忠清廷。
