都指挥使司的下级军事组织由卫、千户所、百户所组成，以其所在地理位置命名。从理论上说，每个卫应该有5600名士兵（五个千户所），每个千户所有1120名士兵（十个百户所），每个百户所有112名士兵。卫的长官是正三品的指挥使，千户所的长官是正五品的千户，百户所的长官是正六品的百户。此外，明朝还设有直接归都指挥使司节制的守御千户所，人员编制和普通千户所一样。
在明朝中前期，全国共有493个卫、359个守御千户所。另外，在北京周围还有74个京卫，其中有33个卫被划出组成了侍卫上直军（上直卫），负责保护皇宫安全，这里面就包括了大名鼎鼎的锦衣卫。留都南京周围也有49个卫。
二、明朝军队的作战系统
与明朝军队的行政系统比起来，作战系统就算是比较简单明了。当发生战事时，五军都督府的都督或高级别的武将会被任命为临时的大将军或将军，军队从全国各地卫所中调集至前线。战事结束后，大将军或将军交出战时指挥权，部队回归各自卫所服役。因此，明朝的大将军或将军其实都是临时工。不过在一些固定的防御地点，比如明朝长城沿线的"九边重镇"，都会常设总兵官作为最高军事指挥官。
