卧榻之侧岂容他人酣睡？洪秀全决定趁早除掉杨秀清。于是派人命在外地督师的韦昌辉和石达开回京勤王。1856年9月2日，韦昌辉率3000人突袭东王府，杨秀清一家给杀了个干干净净。这还不够，之后的两个多月里，韦昌辉以清除东王余孽的名义株连杨秀清部署及其家人两万多人。秦淮河上浮尸连连，天京城内人人自危。石达开闻讯从外地赶回斥责韦昌辉的暴行。韦昌辉杀红了眼，也想把石达开给弄死。石达开闻讯逃出天京城，他的家人却被韦昌辉杀死。石达开一怒之下在安庆起兵讨伐韦昌辉。韦昌辉的暴行引起了天京城内将士的一致反对，11月初，洪秀全在石达开兵临天京城下和朝内群起激愤的压力下，将韦昌辉诛杀，长达几个月的内讧暂时平息。
?石达开原为清朝的武举出身，是太平天国领导层文化程度最高的，平时对待下属关爱有加，加上这次平定天京变乱，受到朝内外的拥戴。洪秀全为了限制石达开，封自己的两个兄弟为王，分散石达开的兵权。石达开受到猜忌和排挤，一气之下离开天京，还一并带走了十万精锐部队。一路转战，10万人全军覆没，最后石达开本人也在成都被凌迟处死。天京变乱到此大量的优秀将士死去，太平天国朝内无将，国内无人。尽管洪秀全事后恢复了杨秀清的名号，并启用了一些年轻将领。但经过一系列的变乱，已经没有可能回到前期团结一致的的状态中了，太平天国国力由此转衰。
