此时太医院的医官悉数到场施救，但都是面带苦涩，束手无策，为首的庄太医只好在脉案（病历）上写下两个让人见之色变的黑字"痘症"！也就是天花。
后来庄太医被慈禧单独召见后，开出治疗"天花"的药方医治，但却没有任何疗效，某一日慈禧来看同治，同治当着慈禧的面虚弱的骂太医"我没得天花，你如何按天花治" ，太医答曰是奉太后旨意。同治听后默默无言，闭上眼睛再不说话。
而后的几天同治已经水米不进，连眼皮都抬不起来，十一月十九日夜里病情突然加重，史载他"湿毒承虚流聚，腰间红肿溃破，男根溃烂漫流脓水，腥臭不可闻"，到了下半夜浑身上下脓包全部溃烂，此时同治惨呼不绝。捱延六天后，他全身几乎全部溃烂，每天流出的脓水可接满一盖碗。
那本《万岁爷进药用药帝薄》记载了他临死前数日的情况，其中有"下部溃烂，臭不可闻"，不几天便"洞见腰肾而死"两句，这一点更是让人怀疑。
