准噶尔汗国灭亡后，清朝最初决定在此进行分封，将准噶尔汗国分为四部分，其中投降于清朝的阿睦尔撒纳也是其中一汗。然而阿睦尔撒纳随后又试图统一准噶尔，重建准噶尔汗国。乾隆皇帝得知后，重新分封四大汗国，准备第二次远征西域。1757年，清朝军队再次进攻伊犁，阿睦尔撒纳各部纷纷叛乱，投降于清朝。于是清军轻而易举就占据了伊犁，阿睦尔撒纳逃亡俄罗斯。
准噶尔灭亡后，但是南疆地区还为纳入清朝的版图。南疆地区本来是察合台汗国的土地，后来被叶尔羌汗国取代。在叶尔羌汗国后期，国内存在着两大宗教势力，分别是黑山派和白山派，其首领叫做"和卓"。1680年，白山派在葛尔丹的支持下驱逐了黑山派，实现了对叶尔羌的宗教控制。1692年后，叶尔羌汗国内乱不止，准噶尔汗国趁机吞并了叶尔羌汗国，将白山派的大和卓波罗尼都小和卓霍集占囚禁。清朝灭准噶尔汗国只是，大小和卓被释放，并表示臣服于清朝。然而，大小和卓在回到南疆之后，就反叛清朝。1757年，清朝军队开始进入南疆平叛，到1759年，大小和卓之乱被平定，南疆纳入清朝的版图。
平定大小和卓
平定大小和卓是清朝统一中国战争的最后一役，使天山南路复入中国版图。西域平定后，乾隆改名为"新疆"，意思为"故土新归"，1762年，清朝正式在新疆设置了伊犁将军，并进行了一定程度的改土归流。此后哈萨克、浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等部落都臣属于中国。中亚被纳入了清朝的势力范围。
