葛尔丹去世后，策妄阿拉布坦（简称策妄）成为了准噶尔汗国的大汗，他向康熙表示臣服，双方迎来了暂时的和平局面。此时的准噶尔汗国开始向哈萨克汗国进攻。1699年，准噶尔击败了哈萨克汗国，使其分裂为了大玉兹、中玉兹和小玉兹三个汗国，并均臣服于准噶尔。同时，策妄又出兵和俄罗斯交战，使得俄罗斯在中亚的扩张一度停滞。这时期的准格尔汗国已经进入了顶峰，可是他偏偏又惹怒了康熙。
康熙
这个得从西藏说起了。西藏是黄教的圣地，葛尔丹是经过喇嘛的册封才正式建立汗国的。1642年，青海一带的和硕特汗国攻入了西藏，统一了整个青藏高原。而和硕特汗国也属于卫拉特蒙古的一部，但是其首领却宣布臣服于清朝。1707年，策妄秘密支持西藏的桑结嘉措发动对和硕特汗国的反叛，结果遭到和硕特拉藏汗的镇压而失败。1717年，策妄派台吉大策凌敦多布率6000军军队从伊犁长驱直入攻占了拉萨，灭和硕特汗国。随即，1718年，清朝也出兵西藏，被策零顿多布击败。1720年，康熙再次派遣三路大军出发，最终将准噶尔的势力赶出了西藏。此后，康熙皇帝命令驻守喀尔喀地区的军队进攻准噶尔，一直打进了乌鲁木齐，并屯田于吐鲁番。此时，哈萨克汗国也开始进攻准噶尔，策妄面临四面楚歌，做好了最坏的打算，准备逃亡俄罗斯。
康熙初期的疆域
就在关键时刻，康熙去世了，随后驻守在西藏的西域的军队纷纷撤回。1722年，雍正继位，而雍正对大将军胤禵实施了终身圈禁，并进行了大规模的清洗，导致雍正前期的军事衰落。此后策妄又重振旗鼓，于1723年支持罗卜藏丹津在青海发动叛乱，但是很快也被清朝给平定。1724年，雍正在青海设置西宁办事大臣，随后又在1728年设置了拉萨办事大臣，将青藏纳入了清朝的版图。在康熙去世不久，策妄也于1727年去世，其子噶尔丹策零继位后，清朝和准噶尔的战争也从青藏高原再次向漠北转移。
