在天京事变之前，太平天国虽设有天官部、地官部、春官部、夏官部、秋官部和冬官部,对应传统的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，还有配合六部制的内阁大学士。但这些部的负责人丞相事实是各王府从事文书工作的人，也就是说丞相对王爷负责，所对应的部也由对应的王府负责管理。
通过洪秀全的改革，提升了六部丞相的地位，他们不再是王府的附庸，而是在相应的部中从事管理工作，六部也成了天国中负责实际事务的具体管理部门，对洪秀全负责。
因此后来洪仁玕虽然也被封为军师，"天王降旨,军师宣列王,列王宣掌率以下官,一体遵行"，地位在陈玉成、李秀成之上，但当安庆失陷时,即不间青红皂白,立即革职。因为此时的军师只是代天王理政，具体的朝政事务已由中央六部完成，军师的地位已大大降低。
通过改革六部和降低军师的地位，洪秀全成了太平天国真正的领袖，他不需要再像之前那样受到杨秀清的掣肘。
他可以根据自己的喜怒，随意封赏和处罚隶属他的任意一个人。即使陈玉成、李秀成等"外带兵之将,日夜勤劳之人"，也无力抗衡，一有错误，就不问青红皂白，革职查问。
