由于军师的权力过大，甚至出现了许多太平天国的百姓、底层士兵只知有东王而不知有天王的现象，甚至连清廷也认为没有洪秀全此人，他是杨秀清为了迷惑人心而编造出来的神话中的人物。
杨秀清除了担任东王和军师外，在太平天国的宗教理论中还是天父的代言人，过高的威望和政治权力造成了他个人权力欲望的膨胀，引起了洪秀全的猜忌，并最终导致天京内讧的发生，杨秀清被杀害。
经过此事以后，洪秀全也认为到了军师权力过大会对天王地位和威望产生威胁。因此天京事变后的两年里，军师一职由洪秀全自己出任，所谓"主是朕做，军师亦是朕做"。即使是帮他消灭杨秀清的功臣韦昌辉、战功赫赫的翼王石达石，都未能获得军师的封号，仅仅是副军师。石达开一定程度上也是因为未能获得军师封号而感觉自己深受洪秀全猜疑，不得已带兵出走，转战全国。
为了制衡军师的权力，洪秀全对太平天国的官制进行了改革，建立了处理日常政务的六部。
