此说法在清朝深入人心,以至于出身满洲皇族的昭梿、震钧等人,在著作《啸亭杂录》《天咫偶闻》中都予以确认。甚至正史《清史稿》中都记载,"或谓祀明副总兵邓子龙也,以与太祖有旧谊,故附祀之"。直到清朝结束之后,民国清史专家孟森,对此问题作出严谨考证后,才彻底推翻了这个结论,揭开了真相。孟森在《清代堂子所祀邓将军考》一文中阐明,所谓明朝邓将军之说不假,但邓将军不是万历年间的武将邓子龙,而是成化年间的武将邓佐。
邓将军的真实身份,在成书于康熙年间的《柳边纪略》中有一段记载。书中提到,明朝成化年间,定辽前卫指挥使邓佐,"善骑射,有胆力",对大明忠心耿耿。在成化三年的奉集堡之战中,邓佐带领五百人马遭遇两千多女真骑兵。邓佐奋不顾身舍命厮杀,最终因为众寡悬殊,部下伤亡殆尽,他不肯投降,战至最后而为国捐躯,身首异处。
清朝人久居关外,气候寒凉,对关内气候不太适应,对中原地区一些流行病也缺乏免疫力,导致清朝入关前后,顺治皇帝、董鄂妃、豫亲王多铎等等很多人都中招,感染"痘病"一命呜呼。出于对"痘病"的恐惧无奈,他们对传说能避瘟灾的邓将军信仰自然有增无减。由于邓佐明朝武将的特殊身份,故此清朝皇帝不肯让外人知悉,最终以讹传讹,误导世人数百年。