又恢复了早期的五军主将制度，封蒙得恩为中军主将，陈玉成为前军主将，李秀成为后军主将，李世贤为左军主将，韦志俊为右军主将。由于有陈玉成和李秀成两位年轻将领加入领导层，太平天国再度焕发生机。陈玉成和李秀成合力，取得三河大捷、二破江北、江南大营的胜利。
1859--1861年
这段时期由干王洪仁领导。1859年5月，洪秀全封刚刚到达天京不足一月的族弟洪仁为干王，总理朝政。为平息众怒，洪秀全封陈玉成为英王、李秀成为忠王、蒙得恩为赞王、李世贤为侍王、杨辅清为辅王。
1859年5月，太平军东征苏州、常州，取得重大胜利。与此同时，军事重镇安庆被湘军围困，形势危急。洪仁召集众将，订下南北两路大军大举西征，攻取武昌，以解安庆之围。由于种种原因，攻取武昌的计划失败。1861年9月5日，安庆失陷。洪秀全将援救安庆不力的洪仁、陈玉成双双革职。
