官营手工业、商业的收入就直接作为明朝的财政收入了。中国古代，一般来说，盐、铁等重要的资源是国家垄断经营的。明朝初期每年盐课折银为4.6万两，正德时期每年为20万两，后期增加到了100万两。明朝还在全国大规模建立银矿开采点，开挖的白银也是国家的财政收入。白银开采收入最高的是永乐时期，课银总收入达到了500万两。
屯田，是国家财政的一大来源。屯田就是国家直接控制的土地，让军队等耕种，产出基本都上交国家。屯田的种类有军屯、民屯、商屯等。屯田在明朝前期有积极的作用，能够为军队提供粮食。朱元璋说"吾京师养兵百万，要令不费百姓一粒米"。明朝屯田军士多达180余万人，永乐年间达到了230万。军屯数量为90多万顷，占据全国耕地的十分之一左右，在陕西、贵州、云南、辽东等边疆地区，军屯可以达到了土地总数的一半左右。在明朝前期，军屯的粮食收入甚至占据了主导，如明代永乐元年，全国税粮为3100万石，而军田缴纳的子粒就有2300万余石。
从上文可以得出，明朝前期的主要财政收入来自于军屯、农业税和官营工商业。但是，随着军屯制度的颓败，官营工商业的衰落，明朝的财政收入就出现了巨大的问题。
军屯的存在是建立在对军籍户口残酷的剥削基础之上的，当全国的统治稳定下来后，军籍就开始逃亡，明英宗时期，逃亡的军人达到了120万，占据当时军队的一半左右。军户的逃亡，必然导致大量的屯田荒废。弘治年间，兵部尚书马文升说："十去其五六，屯田有名无实"。许多地方的官僚就乘机吞并军屯土地。于是，军屯的收入就逐渐减少了。没有了军户，国家就需要大量招募军队，形成了募兵制。募兵制需要更多的军费支出，例如明朝中期为了防止蒙古南下，每年花在北方边防的军费就达到了600万两。
