慕容超得知东晋北上之后亲率五万步、骑兵御敌，双方在巨蔑水域附近展开了对峙。刘裕采纳了胡藩的策略，绕后攻克了临朐。随后慕容超退守广固内城，被刘裕团团围困。慕容超试着向后秦求援，后秦担心东晋灭了后燕之后威胁到后秦，于是对外声称出兵十万援南燕，如果东晋坚持灭南燕，那后秦的十万大军必定长驱直入，攻打刘裕。在这种你死我活的斗争上，嘴巴不如刀剑好使。刘裕看后秦没有直接参战，因此坚决灭南燕。慕容超试图割地求饶，但战场上打不赢，那谈判桌就更不好使了。
刘裕命部下制造攻城器具，加强东晋军队攻坚能力，同时放任南燕使者（韩范）去找后秦求援。南燕一看这阵势就蒙了，东晋都不拦他们求援，那是不是就意味着后秦不会出兵援助？缺少后秦消息的南燕非常惶恐，军心严重动荡。最后刘裕从四面工程，南燕尚书开城门投降，南燕统治者慕容超突围逃跑，但还是被东晋军队追上，并且送去建康斩首，南燕自此灭亡（ps：建康是东晋首都，今南京）。
灭后秦的过程
后秦是一个比较强大的割据政权，但是姚兴死后，后秦的统治高层陷入内斗，几个儿子为了争夺继承人位置导致后秦人心浮动。同时后秦常年与大夏、南凉、西秦等国家开战，严重消耗了青壮劳动力，农业根基被破坏、兵员无法得到及时补充、国力严重削弱。因此刘裕决定抓住这一天赐良机，出兵灭秦。
