但是即使这种情况下，忽必烈还是活到了79岁，在古代皇帝之中绝对能排前10位，可谓是高寿了。而忽必烈死后，实行密葬制度，但整个过程比较血腥。首先，其尸骨埋在一个千年古树里面，将其里面掏空，尸体固定好，两头金圈固定住，之后秘密下葬。
史料《草木子》中记载，"用啰木两片，凿空其中，类人形大小合为棺，置遗体其中"。为了隐秘期间，在送葬的途中凡是遇到的百姓，人畜都要全部杀光杀绝，而这也是蒙古的传统，当年成吉思汗下葬也是这样，史书记载"护柩之士卒在此长途中遇人尽杀之"。而到了选定的陵墓地点之后，会深挖坑埋葬。
