马皇后不仅善待怀孕嫔妃，还在宫里厉行节俭，为朱元璋解决了不少烦心事。为了实现专制统治，朱元璋曾使用各种严刑峻法铲除异己，心怀仁慈的马皇后对此极为不满。她多次劝谏朱元璋要"赦小过以全其人"。若不是马皇后从中调解，不知朱元璋究竟还会杀掉多少人。反观吕雉，善妒冷血，为了保住后位竟不惜将戚夫人做成人彘。
洪武十五年，马皇后重病垂危，深知妻子贤能的朱元璋遍寻名医，甚至，还亲自为她送饭，喂药。那时的马皇后仅有五十一岁，身体尚算硬朗，若能寻到良医对症下药，痊愈的几率是很大的。可是，因为担心太医治不好自己的病会被朱元璋迁怒，最后，硬是不就医而亡。弥留之际，马皇后叮嘱朱元璋要求贤纳才，可见，其至死都在为朱元璋筹谋。
马秀英去世后，朱元璋性情大变，他的残忍嗜血失去了枷锁，掀起了一场场清洗血案。先后杀了胡惟庸、蓝玉、李善长、周德兴等25位公爵、79位侯爵、12位伯爵、11位子爵、23位男爵。可以这样说，马皇后死后，朱元璋本身失去了心理上的慰藉和安全感，出于对子孙的保护，不得不采取心狠手辣的决计。并且，值得一提的是，自马皇后死后，朱元璋至死都未另立新后。
据《明史》记载，马皇后前后生五子二女：长子懿文太子朱标，次子秦愍王朱樉，三子晋恭王朱棡，四子明成祖朱棣，五子周定王朱橚;以及两个女儿宁国公主、安庆公主。清初刘继庄的《广阳杂记》称：明成祖的母亲瓮氏，蒙古人，因为是元顺帝的妃子，所以隐瞒。也有说明成祖朱棣夺了侄子明惠帝的皇位，想更一步名正言顺(嫡庶之分)，便托称为马皇后所出，这样以嫡子的身份继承为帝便不为过。
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