随军的太监
于谦为击败也先，对此前未出战的京城卫队及京营三大军残军做了改编，组建团营。团营的组建打乱京营三大军和亲军卫队的原先的编制，而且一改此前明朝军队只能由宦官和武将统管的做法，增设都御使提督各营事务。于谦此举显然是让朝中群臣得以插手军队事宜。在京师保卫战中，于谦指挥得当，明朝击退了蒙古军，取得京师保卫战的胜利，救回朱祁镇。本来应该擅长军事的武将吃了败仗，而不擅长军事的文臣却取得战场上的胜利，这就表明文臣统管军队的做法是可行的。此时，明朝的军权已经转移到了兵部手中，五军都督府军权旁落。明代宗朱祁钰本就是朝中文臣扶起来的皇帝，在面对朝中群臣时表现得比较懦弱，对文臣手中的兵权也置之不理。
景泰八年正月，明英宗朱祁镇在徐有贞、石亨等人的帮助下，成功复位。朱祁镇对文臣集团大开杀戒，杀死于谦、王文等人，并废除团营，恢复京营三大军和亲军卫队。然而朱祁镇却没有重新扶持五军都督府重掌军权，军权仍然掌握在兵部手中，五军都督府名存实亡。随着时间的推移，文人带兵的弱点逐渐显现，大明军队越来越孱弱，越来越糜烂。
所以土木堡之役是个转折点。在土木堡之役之前，明朝的军权是在五军都督府手中，皇帝通过五军都督府可以调动军队。明朝京营三大军和亲军26卫此前更是皇帝的私人卫队，皇帝可以任意调动。在土木堡之役之后，明朝的军权落入兵部手中，明朝京营三大军和亲军26卫也归兵部管辖，皇帝无权越过兵部调动军队。
朱元璋、朱棣打算北征蒙古时，都是直接通过五军都督府调动军队，根本就不会理会朝中群臣是否同意。例如朱棣在永乐十九年时打算北伐，兵部尚书方宾和户部尚书夏原吉均以辎重筹备不足为由反对朱棣北征。朱棣恼怒之下直接将这两人治罪，改由礼部尚书吕震主持北征筹备事宜。次年，朱棣如期率军发动第三次北征。
