对于少数民族区域，唐朝并没有像州中那样进行直接管理，只要是采取了羁縻政策，类似于今天的少数民族自治。《史记》中解释说"羁，羁，马络头也；縻，牛靷也"，通俗说就是笼络控制。在政治和军事上政府说了算，在其他方面政府承认当地首领的领袖地位，使用当地的人员充当行政官员，并给他们经济上的利益。羁縻地区的具体事务由当地民族的官员安排，唐王朝不滥加干涉。只要当地缴纳足够的赋税、认可中央政府的统治地位。部落首领、当地官员并不会由于自身的异族身份受到歧视和打压，相反，他们享受着和内地官员一模一样的权利，领受政府的公务员工资。
在适宜农业生产的地区，内地的均田制也被西域采用。在商业发达是市镇，税收成为了都护府收入的一大来源。安西下辖的焉耆、龟兹、疏勒、于阗及轮台地区都存在征收商业税的痕迹。
三、 唐代都护府对西域地区统治的影响
1. 加强了中原王朝对西域的控制，保证了西域的安宁
