阿巴亥嫁给努尔哈赤两年后，努尔哈赤的大妃病死，于是就册封阿巴亥为大妃。阿巴亥也很争气，一口气给努尔哈赤生了阿济格、多尔衮、多铎三个儿子。阿巴亥也成为努尔哈赤的最宠的女人。
女真族有一个收继婚制，随着努尔哈赤的年龄越来越大，阿巴亥意识到自己将来要嫁给努尔哈赤即位的儿子。而此时最有可能继位的就是代善。于是阿巴亥就频繁的与代善来往。此事后来被德因泽看到后，偷偷向给努尔哈赤打了小报告。努尔哈赤大怒，但皇帝家丑不敢捅出去，于是就以阿巴亥私藏财物为由取消她的大福晋职务。
不过后来阿巴亥又被努尔哈赤恢复了大福晋，而且努尔哈赤临终前还专门召见阿巴亥。两人探讨了努尔哈赤身后的事。有的史料记载，努尔哈赤有意让多尔衮继位。
