此事引发了许多清朝官员的不满，包括林则徐。他认为，徐继畬应该像当年广州拒绝英国人一样，将他们驱逐出去。
但徐继畬认为此事双方均有错误，所以应该采用外交手段，不可操之过急，让英国人自己搬出去，以防止事态进一步扩大，给他们开启战端的借口。
而此时，福州城内已经有人对英国人进行威胁。为防止事态恶化，徐继畬专门派出巡防队，保护英国人的安全。
此举，让林则徐等对徐继畬更加不满。而外界还有传言，英国人正在往城里运输武器，准备强占福州城。
有人借机向咸丰帝上奏，咸丰帝大怒，将徐继畬革职查办，将其由封疆大吏一下子贬为四品闲职。第二年，咸丰帝又指示吏部对徐继畬进行追责，这次直接就把他一撸到底、逐出京师。
直到同治年间，因为朝廷内外交困，急需洋务干将，徐继畬才被重新启用，又在总理各国事务衙发挥余热，直到1869年告老还乡。
另外值得一提的是，《瀛寰志略》虽然在当时不受待见，但却对此后的洋务运动、戊戌变法乃至日本的明治维新产生了不小的影响。
