朱棣造反成功后,不顾《皇明祖训》里的规定,对齐泰、黄子澄、方孝孺等一大批忠于建文朝廷的文臣武将用尽极刑,还有一位鼎鼎大名的方孝儒,因为固执己见,不愿意弃旧主,被明成祖“诛十族”,瓜蔓抄。严重违背了朱元璋订下的祖训“禁用酷刑”的规定。
而明朝的其他皇帝,也是不顾《皇明祖训》里的规定,很多帝王都过着糜烂的生活。据史记载,自宪宗至熹宗160多年间,皇帝和大臣见面的次数非常少,宪宗在位时,仅召见大学士万安等一次,所有的心思都在后宫玩乐上面,不愿意管理朝政。武宗在位十多年,也没有召见大臣。世宗、神宗等在位时,也全都是不理朝政,甚至武宗皇帝还设置豹房,所做的荒唐之事简直遗臭万年。