后来在曹操攻打刘表的时候，当时很多名士都跟随了素有仁义之名的刘备，但是刘巴却反而向曹操投诚。当时曹操知道刘巴的前来非常的高兴，就让他管理长沙、零陵和桂阳三郡，刘巴一听其实很不愿意去，因为当时刘备也是在长沙的附近。
但是耐不住曹操的劝说，刘巴还是上任了。后来曹操因为赤壁之战大半损失惨重，而刘备就趁机占领了刘巴所管辖的这三郡，刘巴自然就被刘备所扣留。但是刘巴还是不想投降刘备。虽然诸葛亮出马劝说：“刘公雄才大略举世无双，但是已经到了这里乃是天意，再说了曹操生性多疑，你打算去哪里呢？”
但是刘巴依然离开了刘备的大营，来到了交趾。到了蜀地的益州，打算回到中原，但是刘璋知道刘巴在益州，就将他留在了益州。后来刘章对刘巴也非常的净重，就问他有什么好的意见。刘巴就说：“不要接纳刘备，刘备此人必然不是一个为人之下之人，他入蜀的话必是国家之害。”但是最终刘璋还是没有采纳他的建议，最终益州成为了刘备的囊中之物。而此时刘巴再次被刘备捉住了。
