第三，市舶司的设置与废除多次反复，这与明朝的对外政策变化有很大的关联。明太祖罢市舶司主要目的是推行海禁政策。明成祖恢复市舶司的宗旨是怀柔远人，宣扬大明国威，同时换取海外奇珍异宝，供皇室使用，与郑和下西洋的目的完全一致。
嘉靖时再度罢革，主要是由于倭寇猖獗，并限制与日本的贸易。隆庆开关，一方面是因为倭患问题基本解决，另一方面也是适应国内商品经济的发展。万历恢复市舶司是隆庆开关的结果。
总而言之，市舶司这个五品衙门在行政上并没有太大的权力，可是在经济上却是有着巨大的能量。明朝的商品经济发展和它息息相关，也是对外贸易的唯一窗口。自古以来，凡是和贸易接触的衙门，无疑都是最能捞钱的。当然话又说回来，明代的市舶司和晚清时期的海关不是一个概念，其油水也更不是后者可以比拟的。
