万历三十二年，他考中了进士，又改任庶吉士。七年后，他又升任吏科给事中。当时东厂的太监李浚诬告商人，并把他们抓起来严刑拷打，企图让他们认罪。不久，梅之焕就向皇帝上书：“如今天下百姓苦不堪言，贼寇更是横行祸乱。言官们不讨论国家大事，却在为派系而相互争吵。官员们放弃了自己本职工作，却去讨论一些空洞无用的事情。陛下应该严加考察甄别人才，广开言路，这样国家才不至于颓败啊！”
当时朝中大臣拉帮结派，斗争激烈，梅之焕却不参与其中，他曾经对别人说：“依附小人的人未必是小人，依附君子的人也未必就是君子，就像马背上的苍蝇，哪怕随马走了千里路，也不过还是一只苍蝇罢了。”
崇祯皇帝即位以后，任命梅之焕担任甘肃巡抚，他一上任，就打败了河套的贼寇，斩杀700多人，俘获600多人，还生擒了部落首领3人。第二年春天，这些贼寇染上了天花病，梅之焕部下的将领请求趁机进攻他们，而他却说：“幸灾乐祸是不仁义的，趁人之危即使赢了也没什么值得高兴的，不如舍弃武力用宽仁来征服他们。”果然，一个月后，这群贼寇望着边城痛哭流涕，随后便离去不再侵犯。
后来，梅之焕的部下士兵发生了叛乱，虽然这次的叛乱很快被平定。但朝廷已经下达旨意，让他听命等待，和梅之焕有嫌隙的温体仁追究了他的过错，并免去了梅之焕的官位，让他赋闲在家。
