正在打扫战场的马其顿士兵
波斯人在战役中的损失同样不宜高估。
尽管两翼的骑兵和不死军都遭到毁灭性打击，但主力军其实依然保持完好。甚至还有在伊苏斯战役中幸存的2000希腊步兵，也幸运的在高加米拉战场中求得生存。波斯右翼骑兵的过快冲锋，让他们实际上远离了主要战斗。他们也是全军出现大规模溃散后，撤退秩序最好的分队。稍后， 他们再次汇入了大流士的残军队伍，与贝瑟斯的东方部队一起，成为波斯大王的剩余力量。古典希腊-罗马作家笔下的近90000伤亡，无论如何都不可能发生。
但由于高加米拉战役的失败，大流士失去了作为帝国经济核心的巴比伦和主要的国库资金。
大批来自不同省份的部队，不是按原路逃回家乡，就是因为长期失败而对抵抗不再抱有信心。贵为叙利亚总督的马扎亚斯，就是在战后投降的众多波斯贵胄之一。因此，大流士的波斯军队实际上是被亚历山大所完全瓦解。
换装了希腊武器的波斯不死军士兵
当时的参战双方都不会想到，随着巴比伦城的陷落，世界文明的格局也将发生重大变化。
此前，两河流域一直都是可以左右世界局势发展的中心区域。但随着马其顿和大量同盟士兵的涌入，来自爱琴海对岸的希腊文化将占据上层位置。此后的几百年里，希腊文化都将在亚洲多个地区成为风尚。因此，高加米拉战役实际上也是古典两河文明的地位终结之战。
不过，大流士三世还是没有放弃抵抗马其顿入侵的最后一丝希望。
他在离开巴比伦的同时，已经完成了对下一阶段的作战部署。战术水平远不如对手的波斯君主，会继续尝试以战略手段遏制对方。这也逼的亚历山大在取得史诗级大胜后，还得继续向东攻伐。
