因为凌烟阁二十四功臣的排名是根据贞观十七年的官职高低决定的，秦琼在唐朝开国战争中只是将才而非独自统军的帅才，李世民登基后长期出于伤病状态没有继续建功立业，最后于贞观十二年去世，所以官职低。另外，说秦琼没参加玄武门之变的都是只看网文不看史书的，秦琼百分百参与了玄武门之变，有比较详细的记载，所以这不是理由。
先来驳斥一下所谓“秦琼没有参加玄武门之变”的传言。这个根本毫无逻辑。首先《旧唐书•太宗本纪》明确记载了“太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”如果秦琼没参与，为什么要写他？另外，在《旧唐书•长孙顺德传》更是写了“武德九年，（长孙顺德）与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。”所以说，秦琼在玄武门之变的主要任务就是扫清太子李建成余党，而且还是带领众人的，怎么就没参与了？玄武门之变，秦王府人人上阵，连长孙皇后都亲自犒劳将士助威，秦琼的身份是秦王府右三统军，说明白点就是李世民的家将，还想不参与？那不叫保持中立，那叫吃里扒外，会被斩首祭旗的。有人误以为玄武门之变仅仅发生在玄武门，其实它是一个全面的政变，包括宫门、宫外、宫内三部分，秦琼就在宫外打李建成的余党，还有诸如玄武门五大首功之一的侯君集，史书对他做了什么只字未提，一般分析就是在宫内控制李渊，由于不太光彩所以史书不写。不是只有长孙无忌、尉迟恭带的那些埋伏在宫门的人才叫参与了玄武门之变。
