那为什么排名最后，首先要明白凌烟阁功臣的排名依据，那就是设立二十四功臣时（贞观十七年）的官职排名。比如，排名第一的长孙无忌，官职是司徒，正一品，三公之第二位（三公按太尉、司徒、司空排名），二到五位的李孝恭、杜如晦、魏徵、房玄龄都是三公中排名第三的司徒，其中，李孝恭、杜如晦、魏徵都已死，死者为大，所以排在活着的房玄龄之前。而三个已死的人中，李孝恭是皇亲，所以排三人中第一位。后面第六位、第七位的高士廉、尉迟敬德都是从一品开府仪同三司，第八位、第九位的李靖、萧瑀都是正二品特进，从他们开始就是二品官了。就是这种排名方法，以此类推。
然后看秦琼，生前最高官职左武卫大将军，正三品，死后追封徐州都督，也是正三品（大都督从二品，一般都督正三品）。再看哪怕是排名倒数第二的李勣，官职最高为光禄大夫，从二品。所以，秦琼是二十四人中官职品级最低的，自然排在最后。
那秦琼的官职为什么最低？首先，他是将，而非帅，虽然功劳不小，但是不像李靖这样能够独自作为主帅统军，功劳自然不能同日而语。其次，不能做文官处理政务。秦琼是纯武将，没有治国之才，国家太平后，更需要文官治国，如虞世南等人就更容易获得高官，秦琼不行。第三，常年征战留下的伤病，让他在李世民登基后的军事战争中没有参与。史书记载秦琼一直生病，每逢生病就对人说我一生百余战，留下无数伤，怎么能不病呢。一直生病就不能带兵打仗，自然不能建功，也就官职升不上去了。
