于谦不仅是一位能力出众的爱国之臣，而且他自己也自律廉洁，这样的性格注定不可避免地会得罪许多人。在他为官的前期，因为没有给大太监王振送礼，被王振陷害差点被杀。幸运的是，被其他大臣联名上书救了下来。在“土木堡之变”之后，于谦因为反对南迁，又得罪了徐有贞等一大批人。这些人中间有一个叫石亨的人，在保卫北京的战斗中，这位叫石亨的人，因为违反军纪而被撤职。后来，于谦却不计前嫌，上书明代宗恢复了他的官职。可以说，于谦对石亨有再造之恩。
然而在1457年石亨、徐有贞等人发动政变，又从新将明英宗拥上了皇位，事已至此，其他大臣也只好默认了。然而，石亨等人却对于谦毫不留情，以“制造不轨言论”的罪名将于谦下狱。于谦被下狱之后，明英宗一开始仍犹豫不决，他也认为于谦确实有功。但在徐有贞的煽动下，明英宗这才下定决心处死于谦。就这样，于谦被斩首。有一名叫陈逢的都督感念于谦的忠义，不顾自己的仕途，这才保住了于谦的尸身。
此外，于谦被处死后，锦衣卫奉命前去抄家，但赶到于谦家后，除了搜查到一些书籍和生活用品之外，并没有找到其他财产。看到这个场景，一向以冷酷无情、专横跋扈著称的锦衣卫，都不禁潸然泪下。
