可是他却忽略了一点，那就是此时他根本见不到汉武帝，此时的汉武帝在汤泉宫。故汉武帝获得的消息都是来自苏文等人，苏文等人借机诬陷太子起兵谋反，汉武帝听说后，立刻下令开始了极为残酷的镇压。而这次镇压的的后果无异是毁灭性的，其牵涉之广及所带来的连锁反应对汉朝的打击都极大。
在这次镇压中，太子刘据和两个儿子都自杀，皇后卫子夫上吊自杀，丞相公孙贺被灭族，卫皇后的长女被杀，卫青长子也因受牵连而被杀。再到后来的刘屈髦，苏文等人，数万人遭受牵连而被杀。其对后世的影响则更为大，首先李广利因受牵连而出征匈奴后不敢班师回朝，最终投降匈奴，七万大军毁于一旦。其次由于此次宫廷事件的发生，致使继承人改变，从而直接导致了后来霍光的坐大。
虽然后来汉武帝后悔了，也对之前自己的错误行为进行了改正，可巫蛊之祸无论对于汉朝的历史或者是汉武帝本人来说，都是极为沉重的打击，对于汉朝历史，其使汉的发展倒退数十年，而对武帝本人来说，无异于是其光辉一生最大的污点。
