林丹汗统一蒙古之梦的破灭，既和外部原因有关，也和他自己决策失误有关。当时局势对于林丹汗来说并不乐观，后金有努尔哈赤，明朝实力也很强大，自己无法统一蒙古诸部，无论明朝与后金哪一方突然发难自己都将遭受灭顶之灾。于是他决定外与明朝修好，内则尽快统一蒙古。然而就是他人生中最重要的两件事，他偏偏都做出了错误的选择，联明抗金不言而喻是致命的错误，不过在这一点上林丹汗似乎也没有更好的选择，毕竟后金横在明与北元之间，对二者都是威胁。而在对内统一蒙古时，他因为听从喇嘛的说法，从黄教改信红教，导致在黄教盛行的蒙古草原人心尽失。
最终林丹汗终于在1632年被皇太极击败，败走青海，林丹汗到青海后还妄图东山再起，却在1634年死于突发天花，年仅32岁。林丹汗死后，儿子额哲继承汗位（对于额哲和林丹汗谁是最后一位大汗历史上有争议，此处取林丹汗为最后一位的说法），但是次年他就将传国玉玺献予清朝，受封察哈尔亲王。林丹汗身故后，他的八位福晋，其中两人都改嫁给了宿敌皇太极，林丹汗的多罗福晋娜木钟更是成为皇太极加强联络蒙古各部的重要力量，促成了皇太极进一步控制蒙古各部的局面。
