有记载，明末鼠疫这场大鼠疫是的“街坊间小儿为之绝影，有棺、无棺，九门计数已二十余万。”北京在三月之内，保守估计死亡人数已高达全城的五分之一。所以，在当年的4月，李自成攻进大明帝国的都城北京时，他面对的是一座“人鬼错杂，日暮人不敢行”的死城。
这也就解释了，驻守京城的大明御林军为何会在面对闯王义军时毫无抵抗力了，李自成的部队几乎不费吹灰之力就拿下了京城。
有了鼠疫的帮助，闯王成就大业，可是，鼠疫同样没放过进京的农民军，短短一个月时间内席卷了闯王的百万大军，短时间内农民军死的死病的病，战斗力锐减，最终闯王击败明军的一幕在满清士兵与农民军之间再次上演，闯王军被杀得大败而逃。
甚至，被打得支离破碎的农民军成了一支流寇，也变成了鼠疫的传染源之一。有史籍记载“贼过处皆大疫”，说的就是：这支败兵所经之处都有瘟疫肆虐的迹象。撤出京城的李自成财力雄厚，自然可以招兵买马卷土重来，可是，新兵刚刚被征召便被老兵传染了鼠疫，哪怕召集了再多的兵力这支队伍也只是一支病旅，毫无战斗力可言。
眼看自己的队伍陷入恶性循环，李自成苦无良策，每天目睹手下的兄弟们接连病死病倒，李自成遭受了前所未有的打击，最终一蹶不振，退出了历史舞台。
不只是大明御林军及农民军，历史上有许多强势的军队亡于瘟疫。因为，士兵们过的是集体生活，衣食住行都在一块，所以，一旦营帐内有瘟疫流传，军医又没有良方，只能眼睁睁看着士兵们成批倒下。古代医疗水准不高，在面对大疫时几乎是束手无措的。
