天启年间，正是魏忠贤得宠的鼎盛时期，东林党杨涟等人弹劾魏忠贤二十四项大罪，吓得魏忠贤赶紧去找皇帝朱由校哭诉，在客氏（朱由校乳母，魏忠贤的“对食”）的从旁帮助下，皇帝不但没有追究他的责任，还继续委以重任！从此以后，恨透了杨涟等东林党人的魏忠贤制造了很多冤狱，著名的“东林六君子”（杨涟、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章）和“东林后七君子”（高攀龙、周顺昌、周起元、缪昌期、李应升、周宗建、黄尊素）在这段时期相继遇害。如此大范围公然打击东林党的行为，靠的就是魏忠贤手下众多的锦衣卫爪牙，其中许显纯等人首当其冲，基本上都沦为了他的“私人打手”。
在这些被害人之中，号称“东林党智囊”之一的御史黄尊素因为多次忤逆魏忠贤的意愿，所以受到了“格外”照顾。他先是被罚俸一年，然后又被削职为民，后来魏忠贤见他还不“老实”，所以干脆让锦衣卫许显纯等人将其抓进了监狱，然后施以酷刑，使其受尽折磨而死。
崇祯时期，魏忠贤等人为首的“阉党”倒台以后，他们所制造的冤狱纷纷得以沉冤昭雪。黄尊素有一个儿子，那就是后来成长为明末著名大学问家的黄宗羲，只不过父亲遇害时，他还尚未成年。
