只是，二人不久后就分开了。
谭纶先是公务调动，到福建做参政，后回家丁忧。
而戚继光却是浙江、福建两头跑，倭寇不敢来浙江，就去祸害福建了，战事不断。到了嘉靖四十二年（1563年），福建的形势更加糟糕。一支两万多人的倭寇，居然攻下了福建兴化。当时，朝廷派出了三员大将：戚继光，俞大猷和刘显。
之后，谭纶再次“挂帅”，以福建巡抚的身份。
那时候，他巧妙地协调这三位的关系，并根据个人的作战特点制定战术。戚继光在前，刘显侧翼，俞大猷断敌后路。果然，迅速收复了失地。
到了来年二月，谭纶和戚继光二人配合，在仙游灭敌两万。
从此，福建再无倭患了。
就如谭纶自己所言，他擅长的是管理将领。再加上其通晓人性，本人又能以身作则，所以，在作战中，和将士配合相当默契，保证了战事的顺利。此后，谭纶任蓟辽总督，戚继光为蓟州总兵，二人再次配合，防御北方的蒙古。
