石凤魁一走，秦日纲就全盘接手了石达开的军队。可是，由于他不擅指挥，在和清军的战斗中，太平军死伤无数，最后眼看不敌，他只得只身逃走。
最终，清军重夺武汉，而太平军则士气大减。
按理说，秦日纲理当受处分。可是，杨秀清为了削弱石达开的势力，竟以“武汉失守”为由，将石凤魁处死了。
所以，石凤魁的死，秦日纲也脱不了干系。要说身为族弟的石达开，对秦日纲没有怨恨，显然是不可能的。
当然了，也不要以为秦日纲得到杨秀清的不少照顾，就以为秦日纲对杨秀清没有意见。
据《太平天国兴亡史》中记载，有一次，秦日纲的车夫看到杨秀清的叔叔，没有起立行礼，杨秀清知道后，不仅将他的车夫处死，还以“连坐”的罪名，把秦日纲打了100大板。
杨秀清的跋扈，让秦日纲非常不满。所以，当洪秀全受到杨秀清威胁时，洪秀全一边设立防卫，一边暗中命与杨秀清不和的秦日纲和韦昌辉迅速进京勤王。
在赶回天京后，在韦昌辉的带领下，秦日纲和他一起冲进东王府，一刀结束了杨秀清的命，并对东王府进行了残酷的屠杀。
当石达开赶回来时，韦昌辉已经对城中士兵及百姓大肆杀戮起来。
石达开虽怒不可遏，但他见劝说无效，且有性命之忧，于是只得逃出城去。
随后，在韦昌辉的指使下，秦日纲率军冲进翼王府，将石达开的妻女都悉数屠戮。
石达开闻讯后，愈发对秦日纲恨得咬牙切齿。于是他整顿军队，举兵靖难。
此时，杨秀清已死，杀红了眼的韦昌辉也被诛杀。洪秀全觉得他可以高枕无忧了，所以，他以平息石达开怒气为由，又诛杀了秦日纲。
（参考史料：《太平天国史》）
