在诸多矿工中，洪秀全独具慧眼，认定秦日纲是个难得的人才。于是在他的极力拉拢下，秦日纲很快应允共同举事。
金田起义前夕，石达开听从洪秀全号令，毁家纾难，率领他发展起来的4千余人，前来和洪秀全会合。有钱又有队伍，这样的人自然是洪秀全非常欢迎的。所以，洪秀全不光当即封石达开为左军主将，还让他成为太平军核心集团的一员。
此时，秦日纲也统领1千余矿工前来会合。洪秀全虽说没有给他封个一官半职，但却让他直接听自己的指挥调派，这样一来就有点嫡系的味道了。
金田起义成功后，洪秀全在武宣东乡建立太平天国，并自称天王。
随后，洪秀全对将领们论功行赏，分别封王。
在夺取永安城时，秦日纲负责率兵驻扎城外，多次将攻城的清军杀退。由于他作战勇猛，再加上他对洪秀全极为忠心，所以洪秀全封他为天官丞相。这可是百官中官阶最高的职务，
待洪秀全在南京建都后，秦日纲再次被封为真忠报国顶天侯。
显然，从文献史料上看，秦日纲并不算是一员骁勇善战的猛将，在与清军的战斗中，他败多胜少，所以李秀成被俘后说了“并无什么才情”，但是“忠勇信义”。而他也正是凭着“忠通信义”，得到了洪秀全的信任和器重，因此成为将领中与洪秀全交往最密的人。
那么，石达开和秦日纲的积怨，又是怎么回事呢？
原来，在天京定都后，石达开便率军西征。由于他能征善战，且在镇守安徽时，在地方治理上政绩卓著，因此，他不光在军中威信极大，在地方上亦是名声极好。
这让东王杨秀清非常忌惮，唯恐有朝一日他夺走了自己手中的权力，所以他利用手中的权力，把秦日纲封为燕王，这自然有拉拢秦日纲的意思。随后，他又调秦日纲前往安徽，接手石达开的工作。
谁知秦日纲去后，立刻上报杨秀清，说石达开的族兄石凤魁刚愎自用，打了败仗。杨秀清得知后，立刻召回石凤魁，并将他关押候审。
