在三国演义中的描写，华佗被杀是因为曹操身患头风病，听闻华佗的医术高超之后，就派人请华佗为自己治疗。华陀替曹操诊治之后说：曹操头风病的源头在于头上，需要用利斧劈开头颅。然后取出病灶，这样才能根治。虽然我们现在人知道开颅手术是可以实现的，但在古代，那和送命没有什么区别。所以曹操以为华佗是蓄意要谋杀自己，便下令将华佗处死。
虽然历史上的华佗确实也是被曹操杀死的，但是原因却和三国演义中记载的并不相同。当时华佗为曹操治病，认为曹操的病在短时间之内不能治好，需要长期的治疗。华佗在曹操那里治疗了一段时间之后，就回到了家中。没过多久，曹操的头风病再次发作，于是征召华佗治病。但是华佗以家中妻子生病的缘故，拒绝了曹操的征辟。在曹操多次被拒绝之后，曹操派人去华佗家中查看真实的情况。却发现华佗妻子并没有生病，只是华佗以此为借口，来推辞征召。于是生气的曹操下令将华佗下狱，最后杀死了华佗。
很多人都只知道华佗的医术高超，却不知道华佗本身是不愿意从医的。华佗认为学医是一种贱业，而他本身是希望能够在仕途上有所发展。尽管华佗在仕途上没有什么成就，但却养成了士人独有的坏习惯，那就是非常的高傲。所以华佗对于名声并不好的曹操的征召，内心是拒绝的，但迫于权势又不得不去，最后华佗又欺骗了曹操，那么曹操杀死华佗，也并非没有道理。甚至后世有专家认为，华佗之所以认为曹操的病是长期病，其实是在欺骗曹操，以此来胁迫曹操为他加官进爵，以便让自己在仕途上有所发展。而陈寿在三国志这本信史中也表示了对华佗品行的不满。
