作为儿子的莽古尔泰担心母亲富察衮代失宠，同时也担心努尔哈赤从此再也不会重用他。所以这个时候，莽古尔泰做出了一个让后世简直无法理解的行为。
他把自己的生母富察衮代给杀了。
莽古尔泰将自己的母亲杀害，借此取悦汗阿玛努尔哈赤。不过令莽古尔泰没有想到的是，自己杀母的行为，不仅没有得到努尔哈赤的喜爱和重用，反而努尔哈赤更为不喜欢他。自此之后，莽古尔泰在后金的地位和影响力也大大降低，从而也失去了汗位继承的有利条件。
不过，莽古尔泰从1627年到公元1631年，莽古尔泰在战场一直保持着优异的表现，虽然莽古尔泰只是作为策应皇太极以及其他主帅的人，但是依然有着不俗的表现，对皇太极和其他主帅取得战役的胜利起着关键的作用。
公元1631年五月，在大凌河战役中，莽古尔泰所率领的军队，因不听号令致使贻误战机。莽古尔泰的军队因此受到重创。皇太极责问莽古尔泰的时候，莽古尔泰一直矢口否认，还说是那些人诬告他，应该治那些人的罪。皇太极在召来莽古尔泰责问之前，就已经查明情况，并确定情况属实，皇太极见莽古尔泰矢口否认，说道，那些人告你要是属于诬告的话，确实应该治罪，可是现在情况属实，你的罪责应该怎样论处？
