公元1619年，因为明朝辽东地区的军队，攻打后金的都城赫图阿拉城。莽古尔泰跟随努尔哈赤率军应敌，并在萨尔浒埋下伏兵，在萨尔浒一带反击了部分的明军。明朝的两万主力军赶来，莽古尔泰又协同二贝勒代善，共同击败了明军的主力，后来莽古尔泰斩杀了明军的副将，萨尔浒一战，后金大获全胜。
同样是在这一年，莽古尔泰跟随努尔哈赤的大军出征叶赫部，叶赫部一直与努尔哈赤是敌对的状态。其实前些年就想打，只是实力和兵力一直不行。现如今，努尔哈赤终于出兵叶赫，这次出兵叶赫部，对努尔哈赤来说可谓是天时地利人和，出征叶赫部没用多长时间，叶赫部就被平定。
公元1620年到1626年期间，莽古尔泰一直都在战场上作战，都取得了胜利，这一年汗阿玛努尔哈赤病逝，由于努尔哈赤没有留下遗诏，汗位继承人按照当时的传统，由宗室推举，在经过一番争论后，最终定下由皇太极继承汗位，皇太极也成为了后金国的第二位大汗。
虽然后金是少数民族建立的政权，但是在后金的统治集团内部，大部分高层都受过汉族文化的熏陶。所以，大家对于汗位继承人的出身，也是十分在乎的。莽古尔泰的母亲富察衮代，是努尔哈赤的第二任妻子。虽然是第二任妻子，但是同时，富察衮代却是努尔哈赤的第一位正妻。所以，莽古尔泰才是努尔哈赤的嫡子。相比之下，皇太极的母亲，只是努尔哈赤的侧福晋，皇太极算是庶子，论起地位来莽古尔泰要比皇太极地位高，为什么后来皇太极当了大汗呢？
在这其中，主要原因还是在莽古尔泰的身上。莽古尔泰的母亲富察衮代，被人在努尔哈赤面前告发与二贝勒代善有暧昧行为，而且证据确凿。努尔哈赤得知此情况后十分生气，但是毕竟是家丑，努尔哈赤也并没有外扬，加上富察衮代跟随自己多年，也不忍心将她杀死，最后只是用了一个私藏金银的罪名把富察衮代的大福晋之位废掉。
