魏忠贤的想法很快就被验证了，不久就入狱了，自此以后朝中的势力就开始呈现一边倒的局面倒向了另一派东林党人。作为魏忠贤的死对头看到他入狱后就开始迷惑朱由检赶快杀掉他，省的出现意外。朱由检就顺势杀掉了魏忠贤，但魏忠贤死前对他说：“东林党人不是可信之人，希望你能找贤人辅助你的朝政”。
魏忠贤死后他的谏言很快就被东林党人天花乱坠的说法给灭除，朱由检也开始大用东林党人并且对他们言听计从。这些人不但没有魏忠贤的人衷心，反而只会贪图享乐，纸上谈兵，大明王朝也因为这些人在不久后就乱成一团，百姓们在下面哀声载道，朱由检面对如此大的一个烂摊子实在是力不从心。
民间因为不满统治者的所作所为，纷纷举行起义战争来进行反抗。因为常年战争不断国库亏空加剧，镇压起义的王朝军不断失败，大明王朝的命运就如同飘在水面上的荷叶随时都有可能失去。这个时候朱由检还再指望这些东林党人来拯救自己拯救国家。
