然而刘裕早在陆逊撤出蔡州之后就已经派遣孙处和沈田子在海路攻占的卢循在番禺的根据地，导致卢循一再溃逃，最终被交州刺史杜大人所杀；随后刘裕于公元411年班师回朝回到建康，被授予太尉、中书监之职位，第二年四月被朝廷任命为荆州刺史。在此时刘裕的势力不仅仅只是朝廷封赏这些同时还割据这豫州、江州等四周以及司州河东河南广平等四郡的军事力量；基本上可以说是雄霸一方，并且刘裕的弟弟刘藩同时也割据这兖州，其势力范围内包括了长江中上游的大部分地区。
但是刘裕并非就此高枕无忧，他的结拜兄弟刘毅自认为自己的能力不在刘裕之下，对于自己屈服于刘裕之下甚是不服气；他表面上看去十分的拥戴刘裕，但是其内心却是羡慕嫉妒恨。虽然每次二人之间稍有冲突刘裕都会忍让于他，但是这人非但不知道就此收敛，并且越来越骄纵跋扈甚至多次的阻挠刘裕所推行的政令和人事布置；并且还打算可扩充自己的势力加以壮大，然后趁机打垮刘裕以占其职。因此刘毅在朝中和很多有名望的人士结交，然后找各种各样的理由，想尽一切办法将刘裕身边的下属以及军队带走；刘裕从他的各种行动之中感觉到了他的异状，假装答应他的各种要求然后趁机向朝廷举报说刘毅图谋不轨，随后刘藩被朝廷赐死，刘毅自缢身亡。
