在北京期间，多尔衮亲自招待左懋第，并且好言相劝，希望左懋第投降清朝，左懋第差点掀翻桌子。当时明朝前兵部尚书洪承畴也来相劝，甚至连左懋第的堂兄左懋泰也希望左懋第降清，左懋第写了一个对联曰：生为名臣，死为忠鬼！众人见劝降无果，都很无奈。
左懋第被多尔衮扣押了半年之久，这个期间，清军南下，攻下南京，在全国范围内强迫汉人剃发易服，左懋第随行的官员中有人剃发，被左懋第强行杖毙。多尔衮以"杀人偿命"为由，逮捕左懋第。在狱中，多尔衮质问左懋第："你说你是明朝的臣子，那你这半年为何吃清朝的粮食呢？"左懋第回答："不是我吃了清朝的粮食，而是你们抢了我大明的粮食。我们国家遭逢大难，但我并不是亡国之奴。"多尔衮气结，怏怏而去。
南明弘光元年（顺治二年）六月二十日，在经过多次劝降无果后，多尔衮终于下定决心杀掉左懋第，为了防止生变，多尔衮亲自到刑场监斩。在刑场上，左懋第昂首阔步，没有丝毫屈服。在行刑前，左懋第向南、北各拜了两拜，然后稳坐如松，接受行刑。多尔衮气结，命刽子手赶快行刑，刽子手被左懋第的气势所屈服，跪在地上向左懋第磕了三个头，然后才挥下屠刀。就这样，左懋第英勇就义，时年45岁。
300多年前，南宋文天祥面对忽必烈的威逼利诱，宁死不降，名垂青史，被后人敬仰。300多年后，南明左懋第面对多尔衮的软硬兼施，忠贞不渝。因此，后人称左懋第是"明末文天祥"。
《孟子》云：富贵不能淫，威武不能屈。左懋第这种视死如归、坚贞不渝的民族气节，是我辈的精神食粮。
