两年后，左懋第先后考中举人和进士，被任命为韩城县令。左懋第幼年丧父，他带着母亲来到陕西韩城。当时西北地区的农民起义此起彼伏，田地荒芜，民不聊生。左懋第一方面组织百姓耕种，另一方面修筑城墙，每日亲自巡查城防。当义军来攻打时，左懋第日夜守在城楼，相邻的县城陆续被义军攻破，唯有韩成固若金汤。史载：
贼不能入，前后共攻四十余日方引去。
左懋第在韩城待了六年，为官一任，造福一方，不管是遇到叛军，还是干旱，左懋第都夕惕朝乾，不敢松懈，最终引起崇祯的注意，升任户部给事中。
崇祯十六年，左懋第奉命到长江巡查防务，临行前，他将母亲托付给堂兄左懋泰照顾，不料，左懋第离京后，李自成攻入北京，母亲为保名节，绝食而亡。
清军入关后，明朝灭亡。明朝的遗老们一路南撤，拥立朱由崧为帝，即弘光帝。面对清军的步步进步，南明遗老们有了分歧，一派认为应该坚持抗敌，斗争到底。另外一派认为应该学习南宋，派遣使者和清朝谈判，割地求和。左懋第本来是主战派，最终弘光帝派他去和清军谈判，左懋第迫于皇权，勉强接受，临行前，左懋第大义凛然地对弘光帝说：
