按照道理来说，朱元璋应该是农民阶层的代表人物。但是事实并不是这样，朱元璋称吴王之后，立刻翻过脸来痛骂各地的起义军，同时，自己以维护儒家秩序的正统自居。2年之后，朱元璋称帝，建立了大明王朝。在登基的第一年，朱元璋就下达命令，除了佛教、道教之外，严禁其他宗教的传统，对于那些具有煽动性的宗教进行严厉镇压。其实就包括明教，在明朝的残酷镇压之下，明教开始转入地下，逐步销声匿迹。
朱元璋既然是明教出身，为何要镇压明教呢。朱元璋的成功之道，依靠了宗教。但这种成功是可以复制的，如果再出现一个李元璋或者王元璋，那自己的政权就会受到威胁。因此，除了道教和佛教之外，朱元璋严禁其他宗教活动。其实从宗教信仰来说，朱元璋是偏向道教的。武当的创始人张三丰从南宋末期活到了明朝初期，朱元璋对张三丰的长寿非常羡慕，曾经几次派人请张三丰下山。可惜，张三丰一直以大元遗老自居。
在明朝的镇压之下，很多宗教销声匿迹，但有一个宗教的生命力却极度顽强，那就是白莲教。白莲教出现于宋朝末期，属于佛教的分支。在元明清三朝，不断的发动起义，堪称是战斗力顽强。尤其是清朝中后期的白莲教大起义，波及了8个省，清朝用了7年时间，才平定了这次起义。直到抗日战争时期，在日本军队的占领区，仍有白莲教活动。
