汉灵帝时期，钜鹿人张角创建了太平道，是道教早期教派之一。张角自称大贤良师，以符咒为人治病，发展了二三十万教徒。张角见社会腐败，政治黑暗，民不聊生，于是率领教徒发动起义。张角的起义军人人头裹黄巾，史称黄巾军起义。
黄巾军规模宏大，发展迅猛，东汉朝廷很重视，派车骑将军皇甫嵩、中郎将朱俊率兵讨伐。朱俊知晓孙坚勇猛，于是请孙坚为佐军司马（中郎将属官）。孙坚招募精兵千余人，与朱俊并力奋击，所向无前。孙坚常常独当一面，首先登城，然后众军才如蚁附随，于是大破义军。朱俊将孙坚英勇的事迹上报给朝廷，于是朝廷任命孙坚为别部司马。
边章、韩遂在凉州发动叛乱，中郎将董卓讨贼无功。朝廷派司空张温兼任车骑将军，西讨叛贼。张温知道孙坚有威名，于是请孙坚参谋军事。
张温以诏书召董卓来，过了很久董卓才来拜见张温。张温责怪董卓来迟，而董卓应答时毫不恭顺。这时孙坚在坐，上前小声对张温耳语："董卓不惧怕罪责，反而傲慢跋扈，应该以军法将他处死。"张温不同意。后来董卓掌权，祸乱朝政，派人在街上将张温活活打死。
荆州长沙郡人区星造反，率领一万多人攻打郡县。孙坚被朝廷任命为长沙太守，奉命平叛。孙坚亲自带兵，布局谋划，用了一个月就平定了叛乱。当时周朝、郭石也在零陵郡、桂阳郡一带兴兵反叛，孙坚越境前去讨伐，使三郡安定。朝廷嘉奖孙坚，封他为乌程侯。
