此后数百年间，来南洋进行捕捞的渔民越来越多，数万青壮年男人在此往返歇息，这里逐渐被开发起来，呈现南海少有的繁华景象。虽然朱棣死后，“劳民伤财”的下西洋行动逐渐停止，但在明宣宗时期，大明的最后一次下西洋活动返航时，明廷已经意识到纳土纳群岛的重要战略位置，于是开始派人长期驻守该岛进行管理，并鼓励渔民迁居于此，还下令在该岛上的大明居民永世都不需缴纳赋税。
随着越来越多的华人迁入该岛，纳土纳群岛成为了大明帝国最南边的坚实国土。明朝末年，经过大航海时代的发展，号称“海上马车夫”的荷兰人侵占了纳土纳群岛，并强迫世代居住于此的华人学习荷兰语，并向其纳税。由于此时大明王朝内忧外患，濒临崩溃，无暇顾及这块海外之地，荷兰人就在此定居下来了。
明朝灭亡后，该地涌入了大量明军残部和无家可归的流浪渔民，他们联合原住民在广东潮州人张杰绪的带领下，将荷兰人赶出据点，并建立纳土纳王国，拥戴张杰绪为王。
19世纪初，随着纳土纳王国的末代继承人逝世，内部矛盾激化、纷争不断，王国遂瓦解，并再一次被荷兰殖民统治。由于此时已是清朝，清廷自视为天朝上国又奉行“闭关锁国”政策，因此丝毫不顾及海外的广袤领土，对荷兰人的野蛮侵占毫无反应。况且在清朝统治者看来，纳土纳群岛上的华人都是一些流民、盗匪和明朝遗孤，他们反抗清廷统治，可谓死不足惜，正好借荷兰之手除掉他们。
荷兰人彻底占领此地之后，纳土纳沦为其殖民地。为稳固统治，荷兰殖民者还在此进行过几次大屠杀。二战时期，这里不幸被日寇占领，当地华人再次惨遭屠戮。二战后，由于历史原因，这里被印度尼西亚吞并，因其石油资源丰富，这块中华故土的收回可能性极低。
参考文献：
《清稗类钞》
