也有另外一个说法，据史料记载，李自成率百万大军攻下北京后，以为天下已定，纵情享乐，军纪涣散，此时多尔衮率清军入塞，边关告急，岂料祸不单行，义军大营中鼠疫暴发流行，死者甚众，此后李自成出兵山海关，遭到多尔衮与吴三桂的前后夹击，伤亡三万多人，李自成在称帝四十天以后无奈地率军撤离北京，此时李手中尚有几十万人马，但因鼠疫肆虐，死者不计其数，加之军心涣散，南逃途中，俱作鸟兽散，及至湖北九宫山，从者已寥寥无几，最后遭地主武装伏击身亡。
还有一个说法，多尔衮的军队打开了北京城的城门之后，李自成率领军队到了九宫山一带，可是李自成和他的几十万军队自从进入了九宫山一带，便彻底地失去了踪迹，谁也不知道他们究竟去了哪里，换句话说闯王的结局究竟是什么。
或许因为这九宫山一带有着它的玄妙之处，李自成和他的军队藏在这九宫山之中过起了"世外桃源"的生活，又或者李自成是改名换姓了。当然了，这些只是我们对李自成最终结局的猜想罢了，并没有什么具体的历史依据。
顺治二年（1645年），李自成从北京退出后，连续败于清军，最后在湖北通山县九宫山玄帝庙拜神后因劳累过度睡着遭到当地乡民误杀，他的余部刘体纯、郝永忠（郝摇旗）、李来亨、袁宗第等在各地尚有20余万人，于顺治三年至四年前后，络绎转战、回归到川鄂边区兴山、归州、巴东、大宁（今巫溪）等县，实现了各路农民起义军的大联合。也就是后来的夔东十三家。
康熙元年(1662年)九月，在历次围剿失败之后，清廷组织了规模最大的对夔东十三家的联合围剿，由李国英、董学礼、王一正等率部对十三家义军实行三面夹击。战事异常惨烈，十三家起义军多次反攻，准备进行战略突围，因力量过于悬殊，皆未成功。到康熙二年冬，夔东十三家的基地日益缩小，处境困难。十二月，刘体纯兵败自缢，郝永忠、袁宗弟被俘杀，许多将领降清。康熙三年初，清廷调动大军10万，包围李来亨部于茅麓山。八月五日，粮尽矢绝，眼见大势已去，李来亨将金银财宝分与众将士，令部下分散突围逃命，自己却携全家自焚，大顺军最后一支队伍最终被消灭。
至此，坚持斗争达21年之久的夔东十三家起义军宣告失败。
