明清长期军事抵制与冲突的结果是，明朝的精锐全部都在辽东战场，而清军与明军的斗争，将清军锻炼成一只特别优秀的军队，因为一边打的过程，也是一边学习的过程，从努尔哈赤到顺治入关前，政权比较稳定，士兵也比较勇猛，还有自己的根据地。李自成则不然，说到底还是一个流寇，而且虽然崇祯二年就开始闹事，但是真正成事的时候是在崇祯十三四年，明清军事对抗的重要时间段，也就是说，李自成其实管什么也不是，如果不是清军在关外吸引了明军主力，李自成都死几百回了，事实上是李自成兵败N回，还使用过诈降这种低端套路。要不是明朝官军仁慈，早就把他剁了，最惨的时候，就剩17、18个人跑山里了。
而清军在辽东战场把明军的精锐都打的所剩无几了，这时候入关和李自成打，李自成拿6万兵和吴三桂的三四万关宁铁骑打，居然能占上风，都奇了怪了，但是面对满清的十几万兵，估计李自成加上吴三桂在开阔地带进行阵地战，估计骑兵几个冲杀，李自成和吴三桂就完了，可能正是基于此，吴三桂选择了投降，要知道在1644年的前两年松锦大战，吴三桂一行人被杀的是鸡飞狗跳啊！
而这之前，一直借满清的“光”发展起来的李自成根本没和清军交过手，也不知道清军什么样。李自成不知道，吴三桂知道啊，天天跟清军作战，对面什么实力能不知道吗！而且李自成当时去山海关的最初想法是收拾吴三桂，应该有逼降的想法，你不投降就干你，但是，从吴三桂与李自成开打的情况来看，多尔衮早就准备好了，所以，实际上李自成没有做好与清军决战的准备也是有可能的。
之后在吴三桂和清朝骑兵的前后夹击之下。李自成的大顺军节节败退，一直退守到了陕西潼关。潼关之战，大顺军再次失利，被迫退出陕西，转移到了湖南、湖北一带，准备夺取东南作为抗清的基地。但是清军紧追不放，同时，南明政权的明军也顺势攻击大顺军。最终导致李自成在湖北武昌、江西九江等地连连失利。后来李自成率军来到了湖北九宫山一带，此后他便神秘的失去踪迹，他的几十万大顺军也像人间蒸发了一样。
关于李自成的神秘失踪后代有不同的看方法。最有代表的一种说法是，李自成在九宫山被地主和团练追杀，这种说法的依据是清朝靖远大将军阿济格给清廷的奏报和南明湖南将领何腾蛟给唐王的报告说，阿济格给清廷的奏报说，李自成与亲信20人被村民围困，无法逃脱，自缢而亡，但是他自己派人验尸的时候，因为李自成的尸体腐烂，无法辨认；湖南何腾蛟说，自己的部将将李自成斩于马下，只是弄丢了首级。这两种说法，都有很多地方令人难以尽信，因为李自成是一个军事奇才，他的死亡对于清朝还是南明来说都是一个至关重要的问题。因为没人亲眼考到李自成死亡，再次特别值得一提的是，李自成此时尚有四十多万兵马，况且李自成真的被杀，他的几十万大军哪能如此的平静，也就是说李自成李自成遇难九宫山的说法并不可信。
