嘉靖时期的明朝版图
到了万历时期（1573年-1620）和天启年间（1620—1627），明朝经过张居正的改革终于恢复了国力，出现了万历三大征，均胜利了。但是明朝的疆域并没有因此扩大，反而势力范围缩小了。在云南，由于缅甸的统一，明朝册封的|“三宣六慰”基本消失，云南西部地区进一步收缩。在东北，努尔哈赤成为了建州的大汗，他在1588年统一了建州女真，建立女真国，之后又基本统一了海西女真，于1616年建立“后金”；1619年取得了萨尔浒战役的胜利，明朝势力迅速推出辽东，努尔哈赤在1625年迁都沈阳。
万历时期版图
1616年的明朝版图
崇祯年间，东亚大陆的局势迅速变化。在西北，俄罗斯已经到达了西伯利亚，进入了黑龙江流域，蒙古部分地区被俄罗斯占据。蒙古的一支进入了青藏高原，建立了和硕特汗国。此后，清朝迅速崛起，统一了女真族地区，征服了漠南蒙古，而明朝的势力则完全退出了东北。另外，此时的海盗郑芝龙不断将福建流民迁徙到台湾，这为台湾成为了中国的版图打下了坚实的基础，可谓“无心插柳柳成荫”。
