公元619年，李世民率秦琼等人与贼帅宋金刚交战，当时尉迟恭还是宋金刚之部将。在战斗中，尉迟恭表现出孟贲之勇，他身先士卒，大败唐军，俘获唐俭、于筠等将领。李世民见尉迟恭悍勇无双，便派秦琼前去与尉迟恭交锋。在战斗中，秦琼力挫尉迟恭，斩首两千余级，立下了大功。
之后，尉迟恭屡次被李世民击溃，最终心甘情愿地投降唐朝，与秦琼一起，成为秦王李世民的近卫。在战斗中，尉迟恭勇冠三军，多次立下大功，连飞将单雄信也败在了他的手下。因此，李世民赞叹尉迟恭：“我使用弓箭，卿使用长矛，即使一万人也挡不住我们！”
由此可见，秦琼和尉迟恭都是能征惯战、功勋卓著的猛将。但相比于尉迟恭，秦琼的武艺似乎略高一筹，资历也比尉迟恭要老一些。如果论功行赏，秦琼理应在尉迟恭之上。例如李渊为了表彰秦琼的功劳，曾经说：“你抛弃妻子来投靠我，立下如此大功，我肉都可以给你吃，别说什么金银、奴婢了！”
然而，秦琼和尉迟恭的地位却在玄武门之变中得到了逆转。和尉迟恭不一样，秦琼的墓并没有得到发掘，但是他父亲秦爱（此碑是秦琼得势后立的，所以有秦琼的事迹）、儿子秦怀道、孙子秦佾的墓志铭均得到出土。在三篇碑文中，都提到秦琼“从平二凶”。也就是说，秦琼参与了玄武门之变，助李世民取得皇位。
但尉迟恭的墓志铭中显示，他在玄武门之变中的作用要比秦琼的“从平二凶”要大很多。碑文中写道：
