公元619年,李世民率秦琼等人与贼帅宋金刚交战,当时尉迟恭还是宋金刚之部将。在战斗中,尉迟恭表现出孟贲之勇,他身先士卒,大败唐军,俘获唐俭、于筠等将领。李世民见尉迟恭悍勇无双,便派秦琼前去与尉迟恭交锋。在战斗中,秦琼力挫尉迟恭,斩首两千余级,立下了大功。
之后,尉迟恭屡次被李世民击溃,最终心甘情愿地投降唐朝,与秦琼一起,成为秦王李世民的近卫。在战斗中,尉迟恭勇冠三军,多次立下大功,连飞将单雄信也败在了他的手下。因此,李世民赞叹尉迟恭:“我使用弓箭,卿使用长矛,即使一万人也挡不住我们!”
由此可见,秦琼和尉迟恭都是能征惯战、功勋卓著的猛将。但相比于尉迟恭,秦琼的武艺似乎略高一筹,资历也比尉迟恭要老一些。如果论功行赏,秦琼理应在尉迟恭之上。例如李渊为了表彰秦琼的功劳,曾经说:“你抛弃妻子来投靠我,立下如此大功,我肉都可以给你吃,别说什么金银、奴婢了!”
然而,秦琼和尉迟恭的地位却在玄武门之变中得到了逆转。和尉迟恭不一样,秦琼的墓并没有得到发掘,但是他父亲秦爱(此碑是秦琼得势后立的,所以有秦琼的事迹)、儿子秦怀道、孙子秦佾的墓志铭均得到出土。在三篇碑文中,都提到秦琼“从平二凶”。也就是说,秦琼参与了玄武门之变,助李世民取得皇位。
但尉迟恭的墓志铭中显示,他在玄武门之变中的作用要比秦琼的“从平二凶”要大很多。碑文中写道: