大理寺不乐意了：大半夜揣着砍刀到人家家里不是为了杀人，难道还是去强身健体的？即便阿云悔过态度良好，也确实没对受害人造成足够伤害，但这些都不能改变阿云蓄意谋杀的事实。因此，大理寺驳回了许遵的观点，坚持死刑。
事情发展到这一步凸显出一个矛盾：当时宋朝法律面临着“慎刑”与“严刑”的选择，毫无疑问，大理石想要依法办事，甚至有些“严打”的意味，而许遵则旗帜鲜明地反对严刑，支持慎刑。至此，双方在此案上的讨论顶多算是业务上的分歧，但随后许遵的一个做法直接使其触及了政治的根本。
原来，为了拯救阿云，许遵搬用了前不久宋神宗颁布的一道圣旨，内容大致如下：在谋杀案中，施害一方即便对被害人已造成一定的人身伤害，但后续审查时肯主动认罪的（指在官府动用刑罚前招认），这种情况可以按照自首来处理。眼看这道圣旨用在此案上正合适，不料大理寺对此嗤之以鼻，继续维持原判。此案后来闹到了刑部，刑部官员认为判罚没问题，如此看来，阿云是死定了。
戏剧性的是，这个节骨眼上，许遵被调任为大理寺卿，成为部门一把手。这下好办了：他三下五除二，力排众议地将此案的死刑判决改为无期。虽然刑部没话说了，但隔壁的御史台又来劲儿了。御史台是古代的中央监察机构，相当于当下的检察院，专门负责弹劾官员的不轨行为。一看许遵借助职权之便凭一己之力改变了阿云案的判罚，当即大手一挥：兄弟们，来活了！御史们纷纷弹劾许遵枉法。
这许遵也是个能人，入仕多年政绩颇佳，颇受皇帝青睐。怎么说也是神宗罩着的人，御史台这一波弹劾搞得神宗很没面子，但案子已经引起了广泛的社会影响，不拿出个重视的态度是不行的。宋神宗想了个办法，把他案子丢给了翰林院。这里呆着的可都是官场大佬，个个都是有能耐有主张的人，阿云案一发下来便立刻引发了一场激烈争辩。这场讨论中出现了两位箭头人物：其中一方是司马光，认为无论如何都应当依法办事，皇帝的圣旨是一码事，再重要也不能干涉大宋法律的效力；另一方是王安石，认为皇帝是国家的元首，有权对法律法规做出解释甚至是改变，况且条文律令是死的人是活的，更应该酌情处理。
二者的争辩看似是在就事论事，但结合当时的历史背景，情况就变得意味深长起来。
神宗时期的王安石变法在历史上可谓是鼎鼎大名，这场改革具有一定的进步意义，同时也颇具争议，反对者中还不乏司马光、苏轼这样的名人。王安石依仗着皇帝的宠信，尚且能够顶着巨大阻力将改革进行下去，他自然是愿意让皇权凌驾于法律之上；司马光等人本身就十分抵触王安石变法，倘若让皇帝的圣旨影响了大宋法律对阿云案作出的判决，那么由小见大，什么事都由皇帝说的算，那么王安石等改革派不就可以为所欲为了？结果，两派人为一个小小的案子僵持不下，连中书省、枢密院等核心权力部门的官员也参与到其中。在这个过程中，皇帝组织了几次公开审议，希望当庭作出决断，不料无论倾向于哪一方，对方就又哭又闹的根本不松口。
宋神宗没辙，让各方把自己观点写下来，呈给自己批阅。当然了，宋神宗自然是希望加大皇权，倾向于支持王安石，不料当翰林院将根据神宗意思写好的谕旨交给中书省时，谕书居然被驳回。这下皇帝恼了：朕纵容你们吵吵嚷嚷的也就罢了，难道连朕都说的不算了吗？气头上的宋神宗当即直接下旨：改阿云死刑为无期，不久又碰上大赦天下，阿云被释放回家。
回到家中的阿云找了个丈夫并结婚生子，过上幸福的生活。俗话说“大难不死必有后福”，遗憾的是，阿云并不幸运。
公元1085年，神宗驾崩，宋哲宗继位，司马光掌握大权。上任伊始，他就把当年的案例翻出来重审，几乎是毫无悬念地以谋害亲夫罪将阿云逮捕，随即斩首示众。这场“律敕之争”终于迎来结尾，跟政治斗争根本沾不上边的小姑娘阿云，在经历了人生的大起大落后，最终还是充当了政治的祭品。
