最后， 他已身患重病， 当华佗提出用利斧劈开其头而治头痛时， 他又怀疑华佗要谋害于己， 终因不肯医治而亡。甚至死后还要设立七十二座疑冢， 以防后人知道其葬处来掘墓。
而司马懿的“多疑狡诈”性格中主要带有“谨慎”的成分。他本人说诸葛亮“平生谨慎”， 其实他比诸葛亮更加谨慎， 甚至小心翼翼。因为他的对手诸葛亮神机妙算， 使他屡败下风， 因此， 虽“深明韬略， 善晓兵机”， 也不得不谨小慎微， 以免“一失足成千古恨”。这也使他错失了许多战机， 最典型的莫过于“武侯弹琴退仲达”一回。如果不是司马懿多疑， 认为诸葛亮“平生谨慎， 不浊弄险， 今大开城门， 必有埋伏”， 未敢入城， 因而蜀军才得以脱离险境。正如毛宗岗所言:“仲达不疑其大胆于一时， 正为信其小心平日耳”， 当时如果是其子司马昭率兵， 可能会直冲进去活捉诸葛亮， 但诸葛亮已料到司马懿必怀疑自己不敢弄险， 故出此计。
再如“死孔明气走生仲达”一回， 司马懿见一将星附落， 猜是孔明已死， 本应传令起兵， 但又疑此是诸葛亮故意诈死诱其出兵而未聚行劝， 从而坐失良机。司马懿曾说过“智者贵于乘时， 时不可失也。”这帮助他取得了不少胜利， 如克日擒孟达， 保护了两京的安全;诛杀曹爽， 掌握大权。但他自己却因为畏惧诸葛亮而丧失了很多打败蜀军的机会。诸葛亮的佯装退兵， 减兵添灶， 他都能预料到， 但在关键时刻却患得患失， 贻误战机。
